Julkaisu 170/2007
Lohjanjärven pääasiallinen kuormittaja on hajakuormitus (maa- ja metsätalous, viemäröimätön asutus, laskeuma ilmasta ja valuma-alueen taustakuormitus), joka tuo järveen runsaat 80 % sen ravinnekuormituksesta. Pistemäisen jätevesikuormituksen osuus on runsaat 10 % kokonaisfosforista ja noin 15 % kokonaistypestä. Pistekuormituksesta lähes 99 % tulee neljän suurimman puhdistamon, M-real Kirkniemen, Loparexin, Lohjan Pitkäniemen ja Lohjan Peltoniemen jätevesistä. Pienet kuormittajat, Kaijalohjan kunta, Kisakallio ja Vivamo, vaikuttavat lähinnä paikallisesti.
Lohjanjärven tila on kokonaisuutena melko hyvä. Jokien tuoman hajakuormituksen ja pistekuormittajien jätevesikuormituksen lähivaikutusalueella olevien vesien tila on kuitenkin paikoin huono. Ongelmat ilmenevät rehevyytenä ja mm. alusveden happiongelmina, runsaana levätuotantona ja toistuvina sinileväkukintoina. Ongelmallisimpia alueita ovat tällä hetkellä Maikkalanselkä, Lohjan lähivesiltä erityisesti Pappilanselkä ja järven eteläosassa Virkkalanselkä ja Hållsnäsfjärdenin-Kyrköfjärdenin eteläisin alue.
Jokien järveen tuoma kuormitus väheni vuonna 2006 edellisvuodesta pienentyneen virtaaman myötä. Ravinne- ja kiintoainekuormitus oli voimakkainta vuoden lopulla kun virtaamat kasvoivat rankkojen sateiden seurauksena. Pistekuormituksessa fosforikuormitus oli selvästi alhaisempi kuin vuonna 2005. Kuormituksen väheneminen johtui M-realin Kirkniemen fosforimäärän vähenemisestä. Pistemäinen typpikuormitus on noussut pitkän aikavälin kuluessa yhdyskuntien viemäriverkkoja laajennettaessa.
Järven rehevyystaso levätuotannolla mitattuna näyttäisi vuoden 2006 tuloksilla päivitettynä olevan laskusuunnassa Aurlahdella, Maikkalanselällä, Piispalanselällä, Hållsnäsfjärdenillä ja Kyrköfjärdenillä. Isoselällä, Karjalohjanselällä ja Virkkalanselällä selvää muutossuuntaa ei ole havaittavissa. Pappilanselällä tilanne vaihtelee voimakkaasti, mutta kokonaisuutena rehevyys näyttäisi nousseen.