Julkaisu 149/2004
Lohjanjärven pääasiallinen kuormittaja on hajakuormitus (maa- ja metsätalous, viemäröimätön asutus, laskeuma ilmasta ja valuma-alueen taustakuormitus), joka tuo järveen runsaat 80 % sen ravinnekuormituksesta. Pistemäisen jätevesikuormituksen osuus on noin 12 % kokonaisfosforista ja 16 % kokonaistypestä. Pistekuormituksesta 98 % tulee neljän suurimman puhdistamon, M-real Kirkniemen, Loparexin, Lohjan Pitkäniemen ja Lohjan Peltoniemen jätevesistä. Pienet kuormittajat, Karjalohjan kunta, Kisakallio ja Vivamo, vaikuttavat lähinnä paikallisesti.
Lohjanjärven tila on kokonaisuutena melko hyvä. Vesiviranomaisen uusimman vedenlaatuluokituksen mukaan koko järvi kuuluu vähintään tyydyttävään vedenlaatuluokkaan. Suurten selkäalueiden, Karjalohjanselän, Isoselän ja osittain Piispalanselänkin tilanne on pääosin hyvä.
Jokien tuoman hajakuormituksen ja pistekuormittajien jätevesikuormituksen vaikutusalueella olevien vesien tila on kuitenkin paikoin huono. Ongelmat ilmenevät rehevyytenä ja mm. alusveden happiongelmina, runsaana levätuotantona ja toistuvina sinileväkukintoina. Ongelmallisimpia alueita ovat tällä hetkellä Maikkalanselkä, Lohjan lähivesiltä erityisesti Pappilanselkä ja järven eteläosassa Virkkalanselkä ja Hållsnäsfjärdenin-Kyrköfjärdenin alue.
Lohjanjärven levätuotanto oli a-klorofyllimittausten perusteella vuonna 2003 yleisesti pienempi kuin parina edellisenä vuonna. Poikkeuksia olivat Maikkalanselkä ja Virkkalanselkä, joissa molemmissa levätuotanto kokonaisuutena nousi jonkin verran.
Vuosien 1998-2002 pohjaeläintutkimusten perusteella Lohjanjärven pohjien tila on edelleen heikoin järven eteläosassa jätevesien purkupaikan vaikutusalueilla. Lohjan lähivesillä Aurlahdella on havaittavissa lievää paranemista, Isoselällä ja Karjalohjanselällä lievää heikkenemistä 1990-luvun puoliväliin verrattuna. Pitkällä aikavälillä 1989-2002 ei kuitenkaan pohjaeläinten perusteella voida nähdä pohjien tilassa suuria muutoksia, jotka selittyisivät kuormitustekijöillä.
