Julkaisu 141/2003
Lohjanjärven pääasiallinen kuormittaja on hajakuormitus (maa- ja metsätalous, viemäröimätön asutus, laskeuma ilmasta ja valuma-alueen taustakuormitus), joka tuo järveen runsaat 80 % sen ravinnekuormituksesta. Pistemäisen jätevesikuormituksen osuus on noin 12 % kokonaisfosforista ja 16 % kokonaistypestä. Pistekuormituksesta 98 % tulee neljän suurimman puhdistamon, M-real Kirkniemen, Loparexin, Lohjan Pitkäniemen ja Lohjan Peltoniemen jätevesistä. Pienet kuormittajat, Karjalohjan kunta, Kisakallio ja Vivamo, vaikuttavat lähinnä paikallisesti.
Lohjanjärven tila on kokonaisuutena varsin tyydyttävä. Vesiviranomaisen uusimman vedenlaatuluokituksen mukaan koko järvi kuuluu vähintään tyydyttävään vedenlaatuluokkaan. Suurten selkäalueiden, Karjalohjanselän, Isoselän ja osittain Piispalanselänkin tilanne on pääosin hyvä.
Jokien tuoman hajakuormituksen ja pistekuormittajien jätevesikuormituksen vaikutusalueella olevien vesien tila on kuitenkin paikoin huono. Ongelmat ilmenevät rehevyytenä ja mm. alusveden happiongelmina, runsaana levätuotantona ja toistuvina sinilevän massaesiintyminä. Ongelmallisimpia alueita ovat tällä hetkellä Maikkalanselkä, Lohjan lähivesiltä erityisesti Pappilanselkä ja järven eteläosassa Hållsnäsfjärdenin-Kyrköfjärdenin alue.
Vuoden 2002 tulosten perusteella pistekuormituksen lika-aineiden vaikutuksia havaittiin Lohjan kaupungin lähivesillä jonkin verran Ristiselällä ja Liessaaren syvänteellä. Lohjanjärven eteläosassa Osuniemenlahteen tulevan jäteveden vaikutus näkyi lähialueiden syvänteiden happiongelmien lisäksi veden laadussa erityisesti talvella, jolloin jäteveden pääasiallinen kulkeutumissuunta oli purkualueesta pohjoiseen.
Lohjanjärven levätuotanto oli a-klorofyllimittausten perusteella vuonna 2002 suurempi kuin parina edellisenä vuonna. Erityisesti Maikkalanselällä, Pappilanselällä, Aurlahdella ja Kyrköfjärdenin keskiosassa a-klorofyllin määrä oli suurempi kuin edellisvuonna.