Julkaisu 165/2006
Lohjanjärven pääasiallinen kuormittaja on hajakuormitus (maa- ja metsätalous, viemäröimätön asutus, laskeuma ilmasta ja valuma-alueen taustakuormitus), joka tuo järveen runsaat 80 % sen ravinnekuormituksesta. Pistemäisen jätevesikuormituksen osuus on runsaat 10 % kokonaisfosforista ja noin 15% kokonaistypestä. Pistekuormituksesta 98 % tulee neljän suurimman puhdistamon, M-real Kirkniemen, Loparexin, Lohjan Pitkäniemen ja Lohjan Peltoniemen jätevesistä. Pienet kuormittajat, Karjalohjan kunta, Kisakallio ja Vivamo, vaikuttavat lähinnä paikallisesti.
Lohjanjärven tila on kokonaisuutena melko hyvä. Vesiviranomaisen uusimman vedenlaatuluokituksen mukaan koko järvi Maikkalanselkää lukuun ottamatta kuuluu vähintään tyydyttävään vedenlaatuluokkaan. Suurten selkäalueiden, Karjalohjanselän, Isoselän ja osittain Piispalanselänkin tilanne on pääosin hyvä.
Jokien tuoman hajakuormituksen ja pistekuormittajien jätevesikuormituksen lähivaikutusalueella olevien vesien tila on kuitenkin paikoin huono. Ongelmat ilmenevät rehevyytenä ja mm. alusveden happiongelmina, runsaana levätuotantona ja toistuvina sinileväkukintoina. Ongelmallisimpia alueita ovat tällä hetkellä Maikkalanselkä, Lohjan lähivesiltä erityisesti Pappilanselkä ja järven eteläosassa Virkkalanselkä ja Hållsnäsfjärdenin-Kyrköfjärdenin eteläisin alue.
Jokien järveen tuoma kuormitus pysyi vuonna 2005 kokonaisuudessaan suunnilleen edellisvuoden tasolla tai kasvoi hieman Nummenjoessa ja Mustionjoessa. Väänteenjoessa ravinne- ja kiintoainekuormitus laski hieman. Pistekuormituksessa fosforikuormitus oli edellisvuotta suurempi johtuen M-real Kirkniemen tehtaiden 6 viikkoa kestäneen seisokin vaikutuksista. Myös typpikuormituksella on viimeisten viiden vuoden ajan ollut nouseva trendi, joka on pääosin peräisin Lohjan Pitkäniemen puhdistamolta.
Järven rehevyystaso levätuotannolla mitattuna näyttäisi olevan laskusuunnassa Pappilanselkää ja Karjalohjan selkää lukuun ottamatta kaikilla tutkituilla selkäalueilla. Myös rehevimmän Maikkalanselän levätuotanto on ollut parin viimeisen vuoden ajan laskusuuntainen. Näyttää myös siltä, että hajakuormituksen voimakkaasta vaikutuksesta huolimatta pistekuormittajien käsitellyn jäteveden fosforipitoisuudella on merkittävä vaikutus lähimpien vesialueiden levätuotantoon. Fosforikuormituksen vaihtelut heijastuvat nopeasti perustuotantoon ja sitä kautta yleiseen rehevyyteen.