Julkaisu 111/2001
Rehevän Hiidenveden kokonaiskuormituksesta suurin osa on peräisin hajakuormituksesta, joka tulee pääasiassa järveen laskevien Vanjoen ja Vihtijoen kautta. Eniten kuormitusta aiheutuu peltoviljelystä ja luonnonhuuhtoutumasta. Jokien tuomasta kuormituksesta 60 % on peräisin Vanjoesta ja 40 % Vihtijoesta. Pistemäisen kuormituksen osuus koko järven ravinnekuormituksesta on tällä hetkellä muutaman prosentin luokkaa. Pistekuormitus koostui vuonna 2000 pääosin Karkkilan ja Vihdin jätevesistä niiden yhteenlasketun osuuden ollessa noin 99 %. Pienillä kuormittajilla (Hopeaniemi, Hiidenpirtti, Valtion maatalousteknologian tutkimuskeskus) on merkitystä lähinnä paikallisesti.
Pistemäisen jätevesikuormituksen vaikutuksesta veden laatu heikkenee Vanjoella jätevesipuhdistamon alapuolella, joskin veden laadun heikkeneminen jatkuu edellisvuosien tapaan voimakkaana myös jokea alaspäin mentäessä. Ajoittain lika-ainevaikutuksia on havaittavissa Hiidenveden Kiihkelyksenselällä saakka. Vihdin kirkonkylän puhdistamon vesistövaikutukset sekoittuvat Kirkkojärvessä Vihtijoen tuomaan kuormitukseen. Matala, rehevä Kirkkojärvi edustaa yhdessä Mustionselän kansa Hiidenveden rehevintä aluetta.
Hiidenveden näkösyvyys on suurimmillaan noin puolitoista metriä Kiihkelyksenselällä ja Nummelanselällä. Rehevämpien alueiden maksimiarvot jäävät alle metriin. Vuoden 2000 aikana Kirkkojärven ja Mustionselän näkösyvyyslukemat näyttivät jonkin verran kasvavan edellisvuosista. Ilmiö saattaa olla yhteydessä Hiidenveden hoitokalastuksen aiheuttamaan vedenlaatumuutokseen. Koko Hiidenveden alueella todettiin loppukesällä ja syksyllä 2000 jälleen useita sinilevien massaesiintymiä.