Julkaisu 155/2005
Lohjanjärven pääasiallinen kuormittaja on hajakuormitus (maa- ja metsätalous, viemäröimätön asutus, laskeuma ilmasta ja valuma-alueen taustakuormitus), joka tuo järveen runsaat 80 % sen ravinnekuormituksesta. Pistemäisen jätevesikuormituksen osuus on runsaat 10 % kokonaisfosforista ja noin 15 % kokonaistypestä. Pistekuormituksesta 98 % tulee neljän suurimman puhdistamon, M-real Kirkniemen, Loparexin, Lohjan Pitkäniemen ja Lohjan Peltoniemen jätevesistä. Pienet kuormittajat, Karjalohjan kunta, Kisakallio ja Vivamo, vaikuttavat lähinnä paikallisesti.
Lohjanjärven tila on kokonaisuutena melko hyvä. Vesiviranomaisen uusimman vedenlaatuluokituksen mukaan koko järvi Maikkalanselkää lukuun ottamatta kuuluu vähintään tyydyttävään vedenlaatuluokkaan. Suurten selkäalueiden, Karjalohjanselän, Isoselän ja osittain Piispalanselänkin tilanne on pääosin hyvä.
Jokien tuoman hajakuormituksen ja pistekuormittajien jätevesikuormituksen vaikutusalueella olevien vesien tila on kuitenkin paikoin huono. Ongelmat ilmenevät rehevyytenä ja mm. alusveden happiongelmina, runsaana levätuotantona ja toistuvina sinileväkukintoina. Ongelmallisimpia alueita ovat tällä hetkellä Maikkalanselkä, Lohjan lähivesiltä erityisesti Pappilanselkä ja järven eteläosassa Virkkalanselkä ja Hållsnäsfjärdenin-Kyrköfjärdenin eteläisin alue.
Vaikka jokien järveen tuoma kuormitus kasvoi selvästi edellisvuodesta runsaiden sateiden vuoksi, oli Lohjanjärven levätuotanto a-klorofyllimittausten perusteella vuonna 2004 yleensä pienempi kuin edellisenä vuonna. Poikkeuksena oli Aurlahti, jossa levätuotanto kokonaisuutena nousi jonkin verran vuodesta 2003.
Vuosina 2001-2003 toteutettujen kalataloustarkkailujen tulosten perusteella Lohjanjärven kalasto heijastelee järven eri alueiden rehevyystasoja: halutuimpia lajeja kuten kuhaa, siikaa ja taimentakin on useimmin saalislajina Karjalohjanselän ja Isoselän alueilla. Kokonaisuutena saalismäärät ovat kuitenkin suurempia ja saalista saadaan pienemmällä pyyntiponnistuksella järven rehevissä osissa. Laajan virkistyskalastustiedustelun mukaan Lohjanjärven runsaimmat saalislajit olivat vuonna 2003 ahven, hauki ja kuha. Eniten käytetyt pyydykset olivat verkot, piikkionki ja vetouistin.