Karjaanjoen vesistö on Uudenmaan suurin ja kalataloudellisesti merkittävin vesistöalue. Mustionjoki, joksi kutsutaan vesistön Lohjanjärven alapuolista osaa, oli aikoinaan myös merkittävä vaelluskalajoki: se oli Suomenlahteen laskevista lohijoista toiseksi suurin. Mustionjoen kautta merilohet ja taimenet pääsivät tuolloin nousemaan Lohjanjärveen, Hiidenvedelle ja niiden yläpuolisiin vesistöihin aina latvoille saakka kunnes vaelluskalojen nousu estettiin voimallisella vesirakentamisella 1900-luvun alkupuoliskolla.